Fænogenese (fra de græske ord "pheno" og "genesis") er processen med dannelse af en organismes fænotype i processen med individuel udvikling (ontogenese) under indflydelse af både genotypen og miljøfaktorer.
Fænogenese omfatter alle stadier af udviklingen af en organisme fra zygoten til dannelsen af en voksen. På hvert trin er fænotypen påvirket af processerne celledifferentiering, morfogenese, histogenese og organogenese. I dette tilfælde sætter genotypen de generelle grænser for mulige udviklingsmuligheder, og en specifik fænotype dannes under påvirkning af miljøforhold.
Fænogenese er således resultatet af en kompleks interaktion af genetiske og miljømæssige faktorer, der bestemmer den endelige fænotype af en organisme. Forståelse af fænomenesens mekanismer er vigtig for at studere ontogeni, såvel som processerne for morfogenese og evolution af levende systemer.
Fænogenese er processen med dannelse og udvikling af nye former på niveau med hele organismen eller en del af den. Det involverer mange cellulære strukturer, der modtager signaler fra hormoner, biokemikalier, eksterne faktorer osv.
Fenogenese indtager en særlig plads i pattedyrs liv på grund af deres højt udviklede plasticitet. Pattedyr er meget følsomme over for ændringer i miljøet, hvilket fører til mutationer og evolution.
Et interessant eksempel på fænogenese er frøernes membraner. Udseendet af dette organ skyldes genetiske mutationer, der ændrer strukturen af epidermale celler. De muterede celler begynder at vokse og danner et lag af celler, som bliver tykkere og bliver til en membran. Den beskytter frøens forben, mens den bevæger sig gennem vandet. Når man stopper, når frøen går til kysten, forsvinder membranen, fordi den ikke bruges i bevægelsesprocessen. Dette er et eksempel på, hvordan nye strukturer kan skabes i kroppen.