Un organisme saprobie est un ensemble de bactéries qui vivent dans la couche saprophyte du sol, à la surface des plans d'eau douce et salée, ainsi que dans le limon. Les micro-organismes saprophytes assurent la décomposition de la matière organique et le nettoyage de l'environnement, ce qui est important pour maintenir des sols et des écosystèmes sains.
L’une des fonctions les plus importantes de l’organisme saprobon est sa participation à la décomposition des restes végétaux et animaux morts. Les bactéries vivant dans la couche saprobie du sol et dans le limon des plans d'eau douce sont capables de décomposer des substances organiques complexes en substances simples accessibles à d'autres organismes. Lorsque la matière organique se décompose, des gaz (principalement du méthane) sont libérés, qui constituent une source d'énergie importante pour de nombreux autres organismes, y compris les bactéries elles-mêmes.
De plus, l’organisme saprobène a la capacité de former des toxines et des protéines, qui peuvent également être utilisées par d’autres organismes pour leurs fonctions vitales. Des toxines telles que des alcaloïdes, des phénols, des acides aliphatiques et sulfuriques peuvent être trouvées dans le sol et les boues. Cependant, la concentration de ces toxines est généralement faible et ne présente pas de danger sérieux pour les plantes et les animaux.