Gli isoantigeni del sistema II sono associati all'epitelio intestinale. Sono un gruppo complesso di glicoproteine isopeptidiche con due determinanti antigenici (A e B). Ciascun isoantigene è costituito da una proteina A e una proteina B. Gli isoantigeni sono antigeni sinaptotropi. La molecola dell'antigene è costituita da quattro polipeptidi collegati da legami disolfuro. Alcuni frammenti proteici batterici possono legarsi specificamente a queste glicoproteine e causare una reazione allergica cutanea.