Hopkins oppdaget et symbiotisk forhold mellom tuberkulose og de tuberkuløse mykobakteriene og parasitten. Han foreslo ideen om at mycobacterium tuberculosis er en beskyttende faktor mot andre bakterier, som sammen med den beskyttende virkningen av antistoffer spiller en stor rolle i beskyttelsen mot potensielle patogener. Dette er et veldig viktig poeng, siden det var takket være denne uttalelsen at grunnlaget for den fagocytiske teorien ble lagt.