Ворота инфекции — входное отверстие в макроорганизме, которым оно соприкасается с микроорганизмами-возбудителями или мигрирующими по лимфатическим сосудам патогенами. Только проникнув в организм через входные ворота, микробы оказываются на месте возможной репликации, и определяется их дальнейший спектр действия. Без входных ворот инфекционный процесс может протекать очень локально и иметь ограниченные последствия для организма. Водные беспозвоночные и другие животные используют симбиотические отношения с микробами, но не страдают от них в физиологическом отношении. Однако хозяева, которые получают выгоду от живущих с ними микробов, могут оказаться под угрозой, если их симбионты эволюционируют слишком далеко от своих моделей поведения. Большое количество фенотипически различных микро