Kolanjiyojenik karsinom, safra kanallarının epitelinin malign bir tümörüdür. Tümör, kan safra kanallarına tekrar girdiğinde ortaya çıkar. Bu komplikasyon, bir enfeksiyon bir organa girdiğinde ve iltihaplanmaya neden olduğunda ortaya çıkar; bu da mukoza zarına karşı lokal bağışıklık tepkisinde bir artışa yol açar ve bu da bir tümöre dönüşebilir. Risk faktörleri Helicobacter pylori enfeksiyonu, safra taşları (kolesistit) ve diyabeti içerir. Kolanjiyojenik kanserin en yaygın bölgesi midedir (vakaların %50 ila %65'i) ve karaciğer kanserinin en yaygın belirtisi asittir; karın boşluğunda büyük bir efüzyon, kötü prognostik bir işarettir. Safra taşları oldukça hareketli olduğundan kanama sıklıkla meydana gelir ve hastaların yaklaşık yarısında hayatı tehdit eden ara kanamalar görülür. Safra boşaldığında tümör yok edilir ve ayrışır, ayrıca safra kesesi ve ekstrahepatik safra kanallarının işleyişinde bozulmaya neden olur. Kolanjiyoz kanseri, safra kanallarının karaciğerdeki efferent kanallarla buluşması sonucu oluşan kanalların birleşim yerinde ortaya çıkan, yavaş ilerleyen bir karsinomdur. Tipik olarak bu kanser, esas olarak safra kanallarında taş bulunması nedeniyle ortaya çıkan kronik kolesistit ile ilişkilidir; bu aynı zamanda dilate/diffüz safra yolu dilatasyonlarında ve fibrozda da ortaya çıkar. Karakteristik bir özellik, ileum veya çekumda ülseratif enterokolite neden olan safra divertikülünün varlığıdır. Bu tip karsinom safra ampullerinden, safra keselerinin yüzeyinden, bağırsaktaki fibröz bölgelerden ve hatta safra kesesinin sol dış boynundan ve safra kanalından kaynaklanabilir. Bu tip karsinom esas olarak hepatik ve intrahepatik kanalların birleşim yerindeki büyük safra ampuller düğümlerinde ve karaciğer ve bağırsakların safra kanallarının birleşim yerinde yaygın olarak gelişir. Bu tümör iyi huylu veya kötü huylu olabilir. Sadece enterokolit veya glial tabaka ile bağırsak submukozası arasındaki bağ dokusunu etkileyen başka bir hastalıktan sonra gelişir. Bazen bu karsinomatöz düğüm bağırsağın dışında, örneğin safra-bağırsak drenaj kanalının veya safra kesesinin duvarlarında bulunur.