Massa sel bagian dalam adalah komponen utama trofoblas embrionik dan sumber utama elemen seluler korion. Sel-sel tersebut terbentuk melalui ekspansi mitosis dan inisiasi dari bruch embrioid di daerah amnion hingga pembentukan sel trofoblastoma. Massa sel bagian dalam terjadi di wilayah sitoarsitektonik trofoblas di belakang massa embrioid dari massa sel bagian dalam embrio. Embrio tersebut diketahui mengandung sel-sel trofoblas yang berasal dari poros embrio dan kemudian mengisi bagian trofoblas yang terjadi di area di bawah amniotomi.