Bộ nhiễm sắc thể giao tử là một bộ nhiễm sắc thể được tìm thấy trong trứng hoặc tinh trùng của đại diện của tất cả các loài sống. Các tổ hợp di truyền đặc trưng của mỗi loài được xác định bởi bộ này.
Mã di truyền của cây trồng được tạo thành từ một tập hợp các gen góp phần hình thành bộ nhiễm sắc thể giao tử vào thời điểm đó.
Bộ nhiễm sắc thể giao tử là tổng thể của tất cả các phân tử DNA (hemikaryon) chứa trình tự cả hai alen của các gen của một sinh vật nhất định. Trong quá trình giảm phân I, gen Drosophila tạo thành bốn giao tử, mỗi giao tử chỉ chứa một alen của mỗi gen. Sau khi hợp nhất hai giao tử loại này, một hợp tử được hình thành chứa một bộ nhiễm sắc thể và phân tử DNA hoàn chỉnh.Do đó, trong quá trình nguyên phân, tất cả các tế bào chứa bộ nhiễm sắc thể đơn bội hoặc hemicaryon hoàn chỉnh sẽ tạo thành hợp tử lưỡng bội.