Ağciyərin kökü (lat. radix pulmonum) ağciyər kökünün ən yuxarı (ağciyərə batırılmamış) hissəsidir, aortanın daxili kökünün bütün uzunluğu boyunca davamıdır, xaricdən aortadan ayrılır. kök artıq bifurkasiya yaxınlığında və ondan keçən damar.
Ağciyərin kökü ürəyin kökünə baxan ən yuxarı hissədir.Ağciyərin kökü aorta qövsündən başlayır və əzələ qalınlaşması əmələ gətirir. Kökün daha nazik hissəsi enən aortanı əhatə edir. Kökün arxası diafraqmaya bitişikdir. Kökün zirvəsi birinci döş fəqərəsində bitir.