Diencephalie (Oudgrieks δι - twee en έγκρατος - cerebellum) of diencephalisme (Oudgrieks δειεν - voorheen, in plaats van en γχαλαιβω - ik verklaar) is een aangeboren product van het zenuwstelsel, vergezeld van een verandering in de locatie van het diencephalon.
Diencephalische afwijkingen van de hersenontwikkeling kunnen tot uiting komen in de vorm van stoornissen in de structuur van het chiasma, de vorming van extra ventrikels, arachnoïde cysten, gliale tumoren, hypoplasie of hyperplasie van de pijnappelklier. Diencefalie is wijdverspreid onder dieren van verschillende soorten, voor het eerst geïdentificeerd bij varkens en andere varkens in de 19e eeuw. P. Baer beschreef diencephalie voor het eerst in 1865.
De studie van anatomische defecten van het diencephalon bij mensen houdt verband met de zoektocht naar neuro-oncologische en neurodegeneratieve ziekten; zoeken naar methoden om ischemische encefalogramschade, dynamische stereotypen en motorische stoornissen te identificeren, met behulp van de beoordeling van antropometrische parameters en somatoscopie van de schedel om primaire symptomen te identificeren; met onderzoek naar mogelijke populatieverschillen in cognitief-psychologische functies, maar ook met het vaststellen van psychofysiologische kenmerken van verschillende etnische groepen.