Carbonaatstenen zijn verkalkte formaties in weefsels en organen die ontstaan als gevolg van een verstoord calciummetabolisme. Ze kunnen in bijna alle weefsels van het lichaam worden aangetroffen, maar komen het meest voor in de nieren, darmen, milt, pancreas, galblaas en lever. Meestal worden stenen gevormd als gevolg van een verminderde calciumuitscheiding uit het lichaam. Calciumcarbonaten, evenals calciumbicarbonaten en fosfaten, kunnen zich ophopen in weefsels en stenen vormen. Dergelijke formaties kunnen ernstige disfunctie van het orgaan veroorzaken en ontstekingen, bloedingen en zelfs de dood veroorzaken.
Carbonaatstenen kunnen zich vormen bij verschillende nierziekten, zoals chronische pyelonefritis, diabetische nefropathie, hyperparathyreoïdie of amyloïdose. Ze kunnen zich ook vormen tijdens verschillende gastro-intestinale ziekten, zoals gastritis. Hoewel carbonaatstenen in de galblaas geen pijn of ongemak veroorzaken, kunnen ze wel galstenen en cholecystitis veroorzaken. De diagnose van carbonaatstenen kan urine- en ontlastingstests omvatten om het calciumgehalte in deze organen te bepalen. In zeldzame gevallen is het mogelijk om echografie en andere diagnostische methoden te gebruiken. De behandeling van carbonaatstenen kan veranderingen in het dieet met zich meebrengen