Allelomorfer (från allel + grekisk morfform) är varianter av samma gen som skiljer sig från varandra genom nukleotidsubstitutioner.
Allelomorfer ärvs enligt Mendels lagar och upptar samma plats (locus) i homologa kromosomer. Men samtidigt kan de bära på olika information och bestämma manifestationen av olika varianter av samma egenskap.
Till exempel bestämmer allelomorfer av genen som är ansvarig för hårfärg hos människor ljusbrun, svart eller blond hårfärg. Således är allelomorfer alleliska varianter av en gen.