Allelomorfer (fra allel + græsk morphe form) er varianter af det samme gen, der adskiller sig fra hinanden ved nukleotidsubstitutioner.
Allelomorfer nedarves i henhold til Mendels love og indtager samme placering (locus) i homologe kromosomer. Men på samme tid kan de bære forskellig information og bestemme manifestationen af forskellige varianter af det samme træk.
For eksempel bestemmer allelomorfer af genet, der er ansvarlig for hårfarve hos mennesker, lysebrun, sort eller blond hårfarve. Allelomorfer er således alleliske varianter af ét gen.