Fylogeni (från antikgrekiska φῦλον - "stam, klan" och γένεσις - "ursprung") är ett avsnitt av biologisk systematik som studerar de evolutionära förhållandena mellan olika grupper av organismer och historien om deras utveckling.
Den huvudsakliga uppgiften för fylogeni är rekonstruktionen av fylogenetiska träd som återspeglar de antagna evolutionära förhållandena mellan taxa. För detta ändamål används jämförande data om morfologi, embryologi, fysiologi, paleontologi och andra biologiområden. Under de senaste decennierna har jämförelse av gen- och proteinsekvenser för olika arter blivit av stor betydelse vid fylogenetiska rekonstruktioner.
Således tillåter fylogeni oss att rekonstruera den evolutionära historien för grupper av organismer och fastställa graden av relation mellan dem. Denna kunskap är viktig för att förstå mekanismerna för evolution och mångfalden av livet på jorden.
Fylogenes är den naturliga sekvensen av uppkomsten och utvecklingen av organ och system i evolutionsprocessen av levande organismer. Fylogenetisk utveckling sker i enlighet med bevarandelagarna, men med närvaron av övergångar från en strukturell och funktionell enhet till andra. Uppsättningen av omarrangemang och uppkomsten av neoplasmer bildar vägen för evolutionär utveckling av vissa organ, system, organismer, från början och slutar med en eller annan funktion hos en person. Kärnan i fylogeni är att mindre perfekta strukturer uppstår först - det vill säga de initiala embryona av organ - och sedan, med tiden, bildas mer perfekta organ av dem. För utvecklingen av ett organ är det nödvändigt att alla element från vilka organet utvecklas visas och bildas i embryot.