Phylogenie (von altgriechisch φῦλον – „Stamm, Clan“ und γένεσις – „Herkunft“) ist ein Teilgebiet der biologischen Systematik, das die evolutionären Beziehungen zwischen verschiedenen Gruppen von Organismen und die Geschichte ihrer Entwicklung untersucht.
Die Hauptaufgabe der Phylogenie ist die Rekonstruktion phylogenetischer Bäume, die die abgeleiteten evolutionären Beziehungen zwischen Taxa widerspiegeln. Zu diesem Zweck werden vergleichende Daten zur Morphologie, Embryologie, Physiologie, Paläontologie und anderen Bereichen der Biologie herangezogen. In den letzten Jahrzehnten hat der Vergleich von Gen- und Proteinsequenzen verschiedener Arten bei phylogenetischen Rekonstruktionen eine große Bedeutung erlangt.
Somit ermöglicht uns die Phylogenie, die Evolutionsgeschichte von Gruppen von Organismen zu rekonstruieren und den Grad der Verwandtschaft zwischen ihnen festzustellen. Dieses Wissen ist wichtig, um die Mechanismen der Evolution und Vielfalt des Lebens auf der Erde zu verstehen.
Phylogenese ist die natürliche Abfolge der Entstehung und Entwicklung von Organen und Systemen im Evolutionsprozess lebender Organismen. Die phylogenetische Entwicklung erfolgt gemäß den Erhaltungsgesetzen, jedoch mit Übergängen von einer Struktur- und Funktionseinheit zu einer anderen. Eine Reihe von Neuordnungen und die Entstehung von Neoplasmen bilden den Weg der evolutionären Entwicklung bestimmter Organe, Systeme und Organismen, beginnend mit der Entstehung und endend mit der einen oder anderen Funktion in einer Person. Das Wesen der Phylogenie besteht darin, dass zunächst weniger perfekte Strukturen entstehen – also die ersten Embryonen von Organen – und dann im Laufe der Zeit daraus perfektere Organe entstehen. Für die Entwicklung eines Organs ist es notwendig, dass alle Elemente, aus denen sich das Organ entwickelt, im Embryo auftreten und sich bilden.