Phylogeny (từ tiếng Hy Lạp cổ φῦλον - “bộ lạc, thị tộc” và γένεσις - “nguồn gốc”) là một phần của hệ thống sinh học nghiên cứu mối quan hệ tiến hóa giữa các nhóm sinh vật khác nhau và lịch sử phát triển của chúng.
Nhiệm vụ chính của phát sinh chủng loại là tái tạo lại các cây phát sinh gen phản ánh mối quan hệ tiến hóa được suy ra giữa các đơn vị phân loại. Với mục đích này, dữ liệu so sánh về hình thái, phôi học, sinh lý học, cổ sinh vật học và các lĩnh vực sinh học khác được sử dụng. Trong những thập kỷ gần đây, việc so sánh trình tự gen và protein của các loài khác nhau đã trở nên có tầm quan trọng lớn trong việc tái tạo gen.
Do đó, phát sinh chủng loại cho phép chúng ta tái tạo lại lịch sử tiến hóa của các nhóm sinh vật và thiết lập mức độ quan hệ giữa chúng. Kiến thức này rất quan trọng để hiểu được cơ chế tiến hóa và sự đa dạng của sự sống trên Trái đất.
Phylogen là trình tự tự nhiên của sự xuất hiện và phát triển của các cơ quan và hệ thống trong quá trình tiến hóa của các sinh vật sống. Sự phát triển phát sinh gen xảy ra theo quy luật bảo tồn, nhưng với sự hiện diện của sự chuyển đổi từ đơn vị cấu trúc và chức năng này sang đơn vị cấu trúc và chức năng khác. Tập hợp các sự sắp xếp lại và sự xuất hiện của các khối u tạo thành con đường phát triển tiến hóa của một số cơ quan, hệ thống, sinh vật nhất định, bắt đầu từ khi hình thành và kết thúc bằng chức năng này hoặc chức năng khác ở một người. Bản chất của phát sinh chủng loại là các cấu trúc kém hoàn hảo hơn xuất hiện trước tiên—tức là phôi ban đầu của các cơ quan—và sau đó, theo thời gian, các cơ quan hoàn hảo hơn được hình thành từ chúng. Để phát triển một cơ quan, điều cần thiết là tất cả các yếu tố giúp cơ quan đó phát triển phải xuất hiện và hình thành trong phôi.