Ototrofik bakteriler, büyümeleri ve gelişmeleri için enerji ve besin elde etmek amacıyla karbondioksiti ve diğer inorganik bileşikleri emebilen mikroplardır. Bu onları şeker, nişasta vb. gibi organik bileşiklerden enerji ve besin elde eden heterotrofik bakterilerden ayırır.
Ototroflar ekoloji ve biyosferde önemli bir rol oynar. Besin zincirlerinin temelini oluştururlar ve karbon döngüsüne katılırlar. Ototrofik bakteriler patojen değildir ve insanlarda veya hayvanlarda hastalığa neden olmaz.
Ototrofik bakteriler arasında, örneğin enerji üretmek için karbondioksit kullanan siyanobakteriler ve bunun için çeşitli inorganik bileşikleri kullanabilen kemoototroflar gibi birkaç grup ayırt edilebilir.
Ototrofik bakteriler, inorganik olanlardan bağımsız olarak organik bileşikler üretebilen bir grup mikroorganizmadır. Bu bakteriler toprak, su ve diğer ortamlar dahil olmak üzere çeşitli koşullarda yaşayabilir. Bazıları bitkiler, böcekler, kuşlar gibi diğer organizmalar için gerekli olan gıdanın ana üreticileridir.