Gen havuzu (Gen havuzu), biyoloji ve genetikte bir popülasyonun genetik özelliklerinin bütününü tanımlamak için kullanılan bir terimdir. Belirli bir popülasyondaki her bireyin genomunda bulunan tüm genleri içerir.
Gen havuzu, belirli bir zamanda bir popülasyonda bulunan tüm genlerin toplanması olarak tanımlanabilir. Belirli alellerin ortaya çıkma sıklığı, genotip çeşitliliği vb. gibi çeşitli parametrelerle karakterize edilebilir.
Gen havuzu, genetik evrim teorisinde önemli bir kavramdır. Genlerin nesilden nesile nasıl aktarıldığını ve evrimsel süreçleri nasıl etkilediğini anlamamızı sağlar. Ayrıca gen havuzu, bir popülasyonun genetik çeşitliliğinde gelecekte meydana gelecek değişiklikleri tahmin etmek için de kullanılabilir.
Genetik havuzun korunması için aile planlaması, bulaşıcı hastalıkların yayılmasının kontrol altına alınması, çevrenin korunması gibi genetik dejenerasyonu önleyici tedbirlerin alınması gerekmektedir.