Паралелните мутации са мутации, които водят до идентични промени във фенотипа при сродни видове.
Такива мутации възникват независимо в различни еволюционни линии, но водят до подобни фенотипни промени. Това може да се дължи на факта, че свързаните видове имат общи ограничения в развитието.
Ярък пример за паралелни мутации са мутациите, които причиняват скъсени крайници при различни видове пещерни животни, като пещерни риби, раци и саламандри. Скъсяването на крайниците се случва независимо при тези животни поради живот в тъмни пещери, където дългите крайници губят функционалното си значение.
По този начин паралелните мутации демонстрират подобен ефект на естествения подбор върху независимо възникващи мутации в сродни видове, адаптиращи се към подобни условия на околната среда.
Паралелна или свързана мутация е вид наследствена променливост, при която гените, отговорни за формирането на признаци, са разположени наблизо. Това води до появата на признаци при индивиди от сходни генотипове и на едни и същи места. Например, всички форми на цикория се различават по дължината на съцветието до най-микроскопичните детайли, всички те се опрашват еднакво добре от насекоми. Във всяка група чертите се определят наследствено от гените на един локус, p разположен в близост на същата хромозома. Такива аналози и дубликати, които се появяват в различни точки на хромозомата, се наричат алели, поради което се наричат алели. Впоследствие тези два алела ще попаднат в различни поколения.