Parallelle mutationer er mutationer, der fører til identiske ændringer i fænotype hos beslægtede arter.
Sådanne mutationer forekommer uafhængigt i forskellige evolutionære linjer, men fører til lignende fænotypiske ændringer. Dette kan skyldes, at beslægtede arter har fælles udviklingsmæssige begrænsninger.
Et slående eksempel på parallelle mutationer er mutationer, der forårsager forkortede lemmer hos forskellige arter af huledyr, såsom hulefisk, krebs og salamandere. Afkortning af lemmerne sker uafhængigt hos disse dyr på grund af at leve i mørke huler, hvor lange lemmer mister deres funktionelle betydning.
Således demonstrerer parallelle mutationer en lignende effekt af naturlig selektion på uafhængigt forekommende mutationer i beslægtede arter, der tilpasser sig lignende miljøforhold.
En parallel eller forbundet mutation er en type arvelig variabilitet, hvor generne, der er ansvarlige for dannelsen af egenskaber, er placeret i nærheden. Dette fører til udseendet af træk hos individer med lignende genotyper og på de samme steder. For eksempel er alle former for cikorie forskellige i længden af blomsterstanden ned til de mest mikroskopiske detaljer; alle er de lige godt bestøvet af insekter. Inden for hver gruppe bestemmes egenskaber arveligt af generne fra ét locus, p placeret i nærheden på det samme kromosom. Sådanne analoger og dubletter, der optræder på forskellige punkter på kromosomet, kaldes alleler, hvorfor de kaldes alleler. Efterfølgende vil disse to alleler falde i forskellige generationer.