Мюлеровият канал е канал, кръстен на немския анатом и физиолог Йоханес Петер Мюлер (1801-1858).
Мюлеровият канал е ембрионална структура, от която се образуват мъжките и женските репродуктивни органи по време на ембрионалното развитие. При мъжките ембриони каналът на Мюлер регресира, а при женските ембриони се превръща в яйцепроводи, матка и горна част на влагалището.
По този начин Мюлеровият канал играе важна роля в сексуалната диференциация и формирането на репродуктивната система. Откриването на тази структура през 1830 г. е значителният принос на Йоханес Петер Мюлер към ембриологията и анатомията. В негова чест каналът е наречен Мюлеров канал.