Het Mülleriaanse kanaal is een kanaal genoemd naar de Duitse anatoom en fysioloog Johannes Peter Müller (1801-1858).
Het Müller-kanaal is een embryonale structuur waaruit de mannelijke en vrouwelijke voortplantingsorganen worden gevormd tijdens de embryonale ontwikkeling. Bij mannelijke embryo's gaat het kanaal van Müller achteruit, en bij vrouwelijke embryo's verandert het in de eileiders, de baarmoeder en het bovenste deel van de vagina.
Het Mülleriaanse kanaal speelt dus een belangrijke rol bij seksuele differentiatie en de vorming van het voortplantingssysteem. De ontdekking van deze structuur in 1830 was de belangrijke bijdrage van Johannes Peter Müller aan de embryologie en anatomie. Ter ere van hem werd het kanaal het Mülleriaanse kanaal genoemd.