Fenogeneze (z řeckých slov „feno“ a „geneze“) je proces formování fenotypu organismu v procesu individuálního vývoje (ontogeneze) pod vlivem jak genotypu, tak faktorů prostředí.
Fenogeneze zahrnuje všechny fáze vývoje organismu od zygoty až po formování dospělce. V každé fázi je fenotyp ovlivněn procesy buněčné diferenciace, morfogeneze, histogeneze a organogeneze. V tomto případě genotyp nastavuje obecné hranice možných možností vývoje a pod vlivem podmínek prostředí se vytváří specifický fenotyp.
Fenogeneze je tedy výsledkem komplexní interakce genetických a environmentálních faktorů, které určují konečný fenotyp organismu. Pochopení mechanismů fenogeneze je důležité pro studium ontogeneze, stejně jako procesů morfogeneze a evoluce živých systémů.
Fenogeneze je proces vzniku a vývoje nových forem na úrovni celého organismu nebo jeho části. Zahrnuje mnoho buněčných struktur, které přijímají signály od hormonů, biochemikálií, vnějších faktorů atd.
Fenogeneze zaujímá v životě savců zvláštní místo díky jejich vysoce vyvinuté plasticitě. Savci jsou velmi citliví na změny prostředí, což vede k mutacím a evoluci.
Zajímavým příkladem fenogeneze jsou membrány žab. Vzhled tohoto orgánu je způsoben genetickými mutacemi, které mění strukturu epidermálních buněk. Mutované buňky začnou růst a vytvoří vrstvu buněk, která ztloustne a stane se z ní membrána. Chrání přední končetiny žáby při pohybu vodou. Při zastavení, když žába jde ke břehu, membrána zmizí, protože se nepoužívá v procesu pohybu. Toto je příklad toho, jak lze v těle vytvářet nové struktury.