Konjugation ist eine Form des sexuellen Prozesses, bei dem sich zwei Zellen vorübergehend verbinden und Kernmaterial austauschen. Konjugation wird bei vielen Ciliaten und einigen Bakterien beobachtet.
Unter Konjugation versteht man auch die Synapse der Chromosomen, ein Stadium der Meiose, bei dem homologe Chromosomen zusammenkommen und bivalente Chromosomen bilden. Bei der Konjugation werden Abschnitte homologer Chromosomen ausgetauscht.