Πολύπλοκη και πολλαπλή διασταύρωση είναι η διαδικασία ανταλλαγής τομών μεταξύ ομόλογων χρωμοσωμάτων κατά τη διαδικασία της μείωσης και της μίτωσης. Σύνθετες μορφές διασταυρώσεων παράγονται απευθείας κατά τη διαφοροποίηση των μητρικών και πατρικών γεννητικών κυττάρων και πολλαπλές μορφές παράγονται κατά τη διάρκεια του κύκλου ζωής του οργανισμού (δηλαδή της διαδικασίας ανάπτυξής του).
Σύμπλοκο - ένα ζεύγος ομόλογων χρωμοσωμάτων ανταλλάσσει τμήματα σε δύο στάδια, που εμφανίζονται σε διαφορετικούς κλώνους DNA. Ανάμεσα σε δύο ομόλογα χρωμοσώματα υπάρχει μια αδιάσπαστη κοινή περιοχή που ονομάζεται χίασμα. Η ανταλλαγή πραγματοποιείται μέσω αυτού του χιάσματος και πραγματοποιείται από τις δυνάμεις ηλεκτροστατικής απώθησης ή έλξης τέτοιων περιοχών όταν το χίασμα περιστρέφεται γύρω από τον άξονά του. Όταν η ανταλλαγή δισθενών αποκλίνει, είναι το χίασμα που χρησιμεύει ως η γέφυρα που συνδέει τις αδελφές χρωματίδες πριν μεταμορφωθούν σε μεμονωμένα χρωμοσώματα. Επομένως, η απόκλιση αποτελείται από δύο βήματα: στο πρώτο, το χίασμα περιστρέφεται κατά 90º σε ένα επίπεδο κάθετο στον μακρύ άξονα του δισθενούς, επιτρέποντας στα αντίστοιχα τμήματα να συμπίπτουν χημικά· στο δεύτερο, περιστρέφεται κατά 90º έτσι ώστε οι τομές που συμπίπτουν παίρνουν μια θέση που καθορίζεται από τη χημική ειδικότητα. Η δεύτερη στροφή είναι απαραίτητη γιατί σε κοντινές συμπληρωματικές περιοχές η ίδια συμπληρωματικότητα για την αδενίνη στο τέλος ενός κλώνου μπορεί να είναι για τη θυμίνη στην αρχή ενός άλλου. Δεδομένου ότι οι συμπληρωματικές περιοχές βρίσκονται σε ουσιαστικά ευθυγραμμισμένες αποστάσεις, η περιστροφή δεν θα οδηγήσει στην ανάπτυξη μιας νέας εσφαλμένης τοπολογίας των μορίων DNA και οι δύο προκύπτουσες δισθενείς καταστάσεις θα έχουν τον ίδιο προσανατολισμό των τμημάτων των χρωμοσωμάτων που αντιστοιχούν στο νέο διαίρεση του μητρικού και του πατρικού μισού. Κάθε ένα από τα χρωμοσώματα θα έχει τότε μία από τις συνήθεις καταστάσεις + και - κατά τη διαίρεση, παράγοντας στη συνέχεια γαμέτες 2n4c.
Πολλαπλές διασταυρώσεις - λαμβάνει χώρα ανταλλαγή μεταξύ τριών ή περισσότερων χρωμοσωμάτων σε καθένα από τα οποία συντήκονται αρκετοί ανιχνευτές διαφορετικής προέλευσης