Złożone i wielokrotne krzyżowanie to proces wymiany odcinków między homologicznymi chromosomami podczas procesu mejozy i mitozy. Złożone formy krzyżówek powstają bezpośrednio podczas różnicowania komórek rozrodczych matki i ojca, a formy liczne powstają w trakcie cyklu życiowego organizmu (tj. procesu jego rozwoju).
Złożony - jedna para homologicznych chromosomów wymienia odcinki w dwóch etapach, zachodzących w różnych niciach DNA. Pomiędzy dwoma homologicznymi chromosomami znajduje się nieprzerwany wspólny region zwany chiazmą. Wymiana następuje poprzez ten chiazm i odbywa się poprzez siły odpychania elektrostatycznego lub przyciągania takich obszarów, gdy skrzyżowanie obraca się wokół własnej osi. Podczas wymiany dwuwartościowych rozbieżności to chiazm służy jako pomost łączący chromatydy siostrzane, zanim przekształcą się one w pojedyncze chromosomy. Rozbieżność składa się zatem z dwóch etapów: w pierwszym etapie chiazm zostaje obrócony o 90° w płaszczyźnie prostopadłej do długiej osi biwalentu, umożliwiając chemiczne zbieżność odpowiednich odcinków; w drugim etapie zostaje obrócony o kolejne 90° tak, aby zbieżne sekcje zajmują pozycję określoną przez specyficzność chemiczną. Drugi obrót jest konieczny, ponieważ w bliskich komplementarnych regionach ta sama komplementarność dla adeniny na końcu jednej nici może być dla tyminy na początku drugiej. Ponieważ regiony komplementarne znajdują się w zasadniczo wyrównanych odległościach, rotacja nie doprowadzi do powstania nowej nieprawidłowej topologii cząsteczek DNA, a dwa powstałe stany dwuwartościowe będą miały tę samą orientację części chromosomów odpowiadających nowemu podział na połowę matki i ojca. Każdy z chromosomów będzie wówczas miał jeden ze zwykłych stanów + i - podczas podziału, co spowoduje powstanie gamet 2n4c.
Krzyżówki wielokrotne - następuje wymiana pomiędzy trzema lub większą liczbą chromosomów, w każdym z których łączy się kilka sond różnego pochodzenia