Autochtoon (van het Griekse autochtoon - lokaal) is een term die wordt gebruikt om de inheemse volkeren of soorten planten en dieren te beschrijven die oorspronkelijk in een gebied woonden.
Autochtone volkeren zijn de volkeren die oorspronkelijk in een bepaald gebied woonden en de oorspronkelijke bewoners ervan zijn. De Indianen in Amerika worden bijvoorbeeld als een autochtone bevolking beschouwd, omdat ze lang vóór de komst van Europeanen in dit gebied leefden.
In de biologie wordt de term autochtoon gebruikt om te verwijzen naar soorten planten en dieren die van nature in een bepaalde regio zijn geëvolueerd. Autochtone soorten maken deel uit van lokale ecosystemen en spelen een belangrijke rol bij het handhaven van hun integriteit en evenwicht. De bruine beer wordt bijvoorbeeld beschouwd als een autochtone soort voor de taiga, omdat deze is aangepast aan de omstandigheden van deze habitat.
De term ‘autochtoon’ benadrukt dus de verbinding van mensen, planten en dieren met een bepaald territorium, hun inheemse oorsprong en het behoren tot lokale ecosystemen. Autochtonie is belangrijk voor het behoud van de biodiversiteit en het cultureel erfgoed.