Gastrobiopsi er en instrumentell prosedyre der et stykke vev tas fra overflaten av slimhinnen i magen eller tolvfingertarmen for undersøkelse ved endoskopi - gastroskopi. Dette er gullstandardalternativet for å ta en biopsi. Å ta vevsprøver under gastroskopi er kun mulig i kroppshøyde - 15–16 cm fra spiserørsinngangen. Gastroskopi er lite informativt på andre områder. Derfor er det mye å foretrekke å ta en biopsi fra det mest diagnostisk signifikante området av slimhinnen ved å bruke gastroduodenoskopi. Felles for begge teknikkene er bruk av en endoskopisk sonde med en lyskilde (endoskop) festet til, samt en manipulator for å visualisere slimhinnen. Denne teknikken har et bredt spekter av indikasjoner, og utføres svært sjelden bare for å roe ned pasienten.