Koniugacja to proces przenoszenia informacji genetycznej pomiędzy dwiema komórkami bakteryjnymi za pomocą cząsteczki DNA. W przeciwieństwie do mechanizmu transformacji, koniugacja ma wiele pewnych cech. Jego charakterystyczną cechą jest obowiązkowa obecność wyłącznie żywej komórki dawcy. Po bezpośrednim kontakcie z komórką biorcy zapewnia przeniesienie całego jej chromosomalnego DNA lub jego segmentu DNA do drugiej komórki. W tym samym czasie komórka biorcy przekazuje monomeryczną cząsteczkę DNA z komórki dawcy do jądra przez mostek międzykomórkowy utworzony przez specyficzne enzymy. Następnie cząsteczka ta może zostać zintegrowana z chromosomem komórki biorcy za pomocą mechanizmu enzymatycznego lub pozostać w stanie izolowanym u dawcy i biorcy (Schiller, 1980).
Koniugacja bakterii z plazmidami nazywana jest również transdukcją. Nazwa transdukcja pochodzi od łacińskiego słowa transdukcja – „przeniesienie”. Transdukcja jest szeroko stosowana w badaniach genetycznych i inżynierii genetycznej, ale znajduje także zastosowanie w przemyśle (Demakov, 2013).