Zespół gruczołu skrzydłowo-podniebiennego jest stanem patologicznym charakteryzującym się zespołem bólowym typu „nieprzyjemnego ucisku” lub „napięcia wewnętrznego”, który występuje w jednym lub obu gruczołach skrzydłowo-podniebiennych. Głównymi dolegliwościami pacjenta są nieprzyjemny (napadowy) dyskomfort, uczucie trudności w oddychaniu, ból po lewej lub prawej stronie twarzy, często promieniujący do okolicy potylicznej, okolicy przynosowej, zwłaszcza przy patrzeniu w dół.