Pfeiffer fuchsin är ett färgämne som används inom mikrobiologi för att färga bakterier. Uppkallad efter den österrikiske patologen Richard Friedrich Johannes Pfeiffer (1877-1945), som introducerade detta färgämne i praktiken att färga mikroorganismer.
Pfeiffer fuchsin tillhör gruppen grundläggande färgämnen. Det färgar gramnegativa bakterier röda medan grampositiva bakterier förblir ofärgade. Detta gör att Pfeiffer fuchsin kan användas i kombination med andra färgämnen (till exempel metylenblått) för differentiell Gram-färgning.
Pfeiffer fuchsin används ofta för att upptäcka bakterier som E. coli, salmonella och shigella. Det används också för att färga sporbildande bakterier som Bacillus anthracis. Tack vare sin ljusa och kontrasterande färg gör Pfeiffer fuchsin att man tydligt kan visualisera bakteriecellers morfologi under ett mikroskop.