Pfeiffer fuksin mikrobiyolojide bakterileri boyamak için kullanılan bir boyadır. Adını bu boyayı mikroorganizmaların lekelenmesi uygulamasına sokan Avusturyalı patolog Richard Friedrich Johannes Pfeiffer'den (1877-1945) almıştır.
Pfeiffer fuksin bazik boyalar grubuna aittir. Gram-negatif bakterileri kırmızıya boyar, Gram-pozitif bakteriler ise lekesiz kalır. Bu, Pfeiffer fuchsin'in diferansiyel Gram boyama için diğer boyalarla (örneğin metilen mavisi) kombinasyon halinde kullanılmasına olanak tanır.
Pfeiffer fuchsin, E. coli, salmonella ve shigella gibi bakterileri tespit etmek için yaygın olarak kullanılır. Ayrıca Bacillus anthracis gibi spor oluşturan bakterilerin lekelenmesinde de kullanılır. Parlak ve kontrast rengi sayesinde Pfeiffer fuksin, bakteri hücrelerinin morfolojisini mikroskop altında net bir şekilde görselleştirmeye olanak tanır.