Pfeiffer fuchsine is een kleurstof die in de microbiologie wordt gebruikt om bacteriën te kleuren. Vernoemd naar de Oostenrijkse patholoog Richard Friedrich Johannes Pfeiffer (1877-1945), die deze kleurstof introduceerde in de praktijk van het kleuren van micro-organismen.
Pfeiffer fuchsine behoort tot de groep van basische kleurstoffen. Het kleurt Gram-negatieve bacteriën rood, terwijl Gram-positieve bacteriën ongekleurd blijven. Hierdoor kan Pfeiffer-fuchsine worden gebruikt in combinatie met andere kleurstoffen (bijvoorbeeld methyleenblauw) voor differentiële Gram-kleuring.
Pfeiffer fuchsine wordt veel gebruikt om bacteriën zoals E. coli, salmonella en shigella op te sporen. Het wordt ook gebruikt om sporenvormende bacteriën zoals Bacillus anthracis te kleuren. Dankzij de heldere en contrasterende kleur maakt Pfeiffer fuchsine het mogelijk om de morfologie van bacteriële cellen duidelijk onder een microscoop te visualiseren.