Pfeiffer fuchsin er et farvestof, der bruges i mikrobiologi til at farve bakterier. Opkaldt efter den østrigske patolog Richard Friedrich Johannes Pfeiffer (1877-1945), som introducerede dette farvestof i praksis med farvning af mikroorganismer.
Pfeiffer fuchsin tilhører gruppen af basisfarvestoffer. Det farver Gram-negative bakterier røde, mens Gram-positive bakterier forbliver ufarvede. Dette gør det muligt at bruge Pfeiffer fuchsin i kombination med andre farvestoffer (f.eks. methylenblåt) til differentiel Gram-farvning.
Pfeiffer fuchsin er meget brugt til at påvise bakterier som E. coli, salmonella og shigella. Det bruges også til at farve sporedannende bakterier såsom Bacillus anthracis. Takket være sin lyse og kontrasterende farve giver Pfeiffer fuchsin mulighed for tydeligt at visualisere bakteriecellers morfologi under et mikroskop.