Vi khuẩn phù du là những vi sinh vật cực nhỏ sống trong môi trường nước. Chúng là một phần của cái gọi là “microbiota” và đóng vai trò quan trọng trong hệ sinh thái đại dương. Vi khuẩn có thể bám vào các hạt sinh vật phù du hoặc trôi nổi tự do trong nước. Sự hiện diện của chúng trong nước biển ảnh hưởng đến chu trình sinh học và chuỗi thức ăn của sinh vật phù du. Ngoài ra, vi khuẩn phù du rất quan trọng để hiểu được sự thay đổi của đại dương toàn cầu liên quan đến biến đổi khí hậu.
Vi khuẩn được tìm thấy ở khắp mọi nơi và có thể tồn tại trong những điều kiện khắc nghiệt nhất, chẳng hạn như áp suất cao, độ axit cao và nhiệt độ thấp. Sinh vật phù du vi khuẩn đóng một vai trò quan trọng trong nhiều khía cạnh của đời sống đại dương, như cố định đạm, quản lý chất thải và hình thành mùn. Tuy nhiên, số lượng vi khuẩn trong sinh vật phù du có thể thay đổi tùy thuộc vào loại môi trường, nhiệt độ và các yếu tố khác.
Sinh vật phù du biển chứa một số lượng lớn vi khuẩn, một số trong đó không thể tìm thấy trên đất liền. Vi khuẩn là thành phần chính của cái gọi là "bộ lọc", lọc nước dưới tác động của nước. Điều này giúp duy trì sự cân bằng trong hệ sinh thái biển. Vi khuẩn chiếm ưu thế trong cộng đồng sinh vật phù du so với các sinh vật khác và chúng đóng vai trò quan trọng trong quá trình quang hợp và cố định đạm. Chúng cũng thúc đẩy sự tích tụ các chất dinh dưỡng như khoáng chất, hợp chất hoạt tính sinh học và đường. Hơn nữa, chúng còn được sử dụng để phân hủy sinh học chất thải hữu cơ, một quá trình quan trọng trong chu trình sinh học biển.