Bakterioplanktoni ovat mikroskooppisia mikro-organismeja, jotka elävät vesiympäristössä. Ne ovat osa niin kutsuttua "mikrobiotaa" ja niillä on tärkeä rooli valtamerten ekosysteemissä. Bakteerit voivat kiinnittyä planktonhiukkasiin tai kellua vapaasti vedessä. Niiden esiintyminen merivedessä vaikuttaa planktotrofisten organismien biologiseen kiertokulkuun ja ravintoketjuun. Lisäksi bakteeriplanktonilla on merkitystä ilmastonmuutokseen liittyvien maailmanlaajuisten valtamerten muutosten ymmärtämisessä.
Bakteereja löytyy kaikkialta ja ne pystyvät selviytymään äärimmäisissä olosuhteissa, kuten korkeassa paineessa, korkeassa happamuudessa ja alhaisissa lämpötiloissa. Bakteeriplanktonilla on tärkeä rooli monilla valtameren elämän osa-alueilla, kuten typen sitomisessa, jätehuollossa ja humuksen muodostumisessa. Bakteerien määrä planktonissa voi kuitenkin vaihdella riippuen ympäristön tyypistä, lämpötilasta ja muista tekijöistä.
Meren plankton sisältää suuren määrän bakteereja, joista osaa ei löydy maalta. Bakteeri on pääkomponentti niin sanotuissa "suodattimissa", jotka suodattavat vettä veden vaikutuksen alaisena. Tämä auttaa säilyttämään tasapainon meren ekosysteemissä. Bakteerit hallitsevat planktoniyhteisöjä muihin eliöihin nähden, ja niillä on keskeinen rooli fotosynteesissä ja typen sitomisessa. Ne myös edistävät ravintoaineiden, kuten mineraalien, bioaktiivisten yhdisteiden ja sokereiden, kertymistä. Lisäksi niitä käytetään orgaanisen jätteen biohajoamiseen, mikä on tärkeä prosessi meren biologisessa kierrossa.