Malý gen je určitý rozsah genů na chromozomu, který ovlivňuje geny umístěné v jedné buňce. Hlavní výhodou malých genů je jejich stručnost, která zajišťuje jednoduché kódování informací a stabilitu úložiště. Obvykle představují jedinou, funkčně nezávislou jednotku genetického kódu, která může zahrnovat mnoho známých genů. Kromě toho mohou být malé geny integrovány nebo zděděny z jiných zdrojů do buněk. Jejich funkcí je kódovat a regulovat genetické procesy.
Například gen pro mitochondrie, používaný pouze v buňkách, je příkladem malého genu. Provádí určité biologické funkce a obsahuje specifické informace nezbytné k tomu, aby během buněčného dýchání proběhly určité biochemické reakce. Malý gen je nezávislá jednotka větších genomů, jako jsou chromozomy. Typicky kóduje mikroRNA, dlouhé nekódující RNA nebo jiné malé molekuly RNA, které vykonávají specifické funkce mimo svůj konstrukt.
Funkce genů malého rozsahu jsou málo prozkoumány, ale hrají důležitou roli v regulaci buněčných procesů a vývoji organismů. Malé geny jsou zvláště užitečné pro vytváření rekombinantních buněk a vakcín.