Pieni geeni on tietty valikoima geenejä kromosomissa, joka vaikuttaa yhdessä solussa sijaitseviin geeneihin. Pienten geenien tärkein etu on niiden lyhyys, joka varmistaa yksinkertaisen tiedon koodauksen ja säilytyksen vakauden. Ne edustavat yleensä yhtä, toiminnallisesti riippumatonta geneettisen koodin yksikköä, joka voi sisältää monia tunnettuja geenejä. Lisäksi pieniä geenejä voidaan integroida tai periytyä muista lähteistä soluihin. Niiden tehtävänä on koodata ja säädellä geneettisiä prosesseja.
Esimerkiksi mitokondrioiden geeni, jota käytetään vain soluissa, on esimerkki pienestä geenistä. Se suorittaa tiettyjä biologisia toimintoja ja sisältää erityistä tietoa, jota tarvitaan tiettyjen biokemiallisten reaktioiden tapahtumiseen soluhengityksen aikana. Pieni geeni on itsenäinen yksikkö suurempia genomeja, kuten kromosomeja. Se koodaa tyypillisesti mikroRNA:ita, pitkiä ei-koodaavia RNA:ita tai muita pieniä RNA-molekyylejä, jotka suorittavat tiettyjä toimintoja sen konstruktion ulkopuolella.
Pienen alueen geenien toimintoja on vähän tutkittu, mutta niillä on tärkeä rooli soluprosessien säätelyssä ja organismien kehityksessä. Pienet geenit ovat erityisen hyödyllisiä yhdistelmäsolujen ja rokotteiden luomisessa.