Cis-konfiguraatio on yksi molekyylibiologian ja genetiikan peruskäsitteistä. Se kuvaa geenien ja kromosomien järjestystä solun ytimessä. Cis-konfiguraatio tarkoittaa, että geenit sijaitsevat ydinvaipan toisella puolella.
Cis-konfiguraatiot voivat olla erityyppisiä riippuen siitä, mitkä geenit ovat ytimen toisella puolella. Esimerkiksi kromosomien lineaarisessa järjestelyssä toisella kromosomilla sijaitsevat geenit ovat toisella puolella ja toisessa kromosomissa olevat geenit toisella puolella.
Cis-konfiguraatioiden merkitys on siinä, että ne määräävät, kuinka geenit ovat vuorovaikutuksessa keskenään ja miten ne vaikuttavat geenien ilmentymiseen. Esimerkiksi geenit voivat olla vuorovaikutuksessa toistensa kanssa muiden geenien ilmentymisen säätelemiseksi.
Joissakin tapauksissa cis-konfiguraatiot voivat myös vaikuttaa genomin stabiilisuuteen. Jos geenit sijaitsevat lähellä toisiaan, tämä voi johtaa niiden vuorovaikutukseen ja mahdolliseen muutoksiin niiden toiminnassa.
Siten cis-konfiguraatiolla on tärkeä rooli geenin ilmentymisen ja genomin stabiilisuuden säätelyssä ja sen mekanismien ymmärtäminen on erittäin tärkeää molekyylibiologian tutkimukselle.
Cis on etuliite kemiallisten kaavojen rakenteessa, mikä tarkoittaa konfiguraatiota tetraedrin tai oktaedrin tasossa olevan suoran toisella puolella. Cis-elementeillä on kaikki kasvokeskeisen kuutioyksikön muodostavien alkuaineiden kemialliset ominaisuudet. Tyypillisesti tätä etuliitettä käytetään s-kirjaimen kanssa jälkiliitteenä. Sanaa "cis" voidaan käyttää myös viittaamaan molekyylien sijoittumiseen kidehilassa, mikä yleensä tarkoittaa kasvokeskeistä kidehilaa ja rakenteiden orientaatiota pisteen ympärillä, joka on kaukana rakenteellisen rungon solmuista. Etymologisesti sana "cis" on mahdollisesti johdettu latinan sanasta "konfiguraatio", jota käytetään useissa yhdistelmissä viittaamaan eri esineiden geometriseen orientaatioon epäorgaanisessa kemiassa.