Kystoskooppinen urologia on tärkeä osa nykyaikaista minimaalisesti invasiivista kirurgiaa. Virtsateiden märkivien onteloiden tyhjentämisen ohella käytetään laajalti myös virtsarakon ontelon pesua erilaisilla liuoksilla. Nämä toimenpiteet suoritetaan käyttämällä huuhtelu-läpivirtauskystoskooppia, minkä jälkeen virtsarakon ontelo pestään.
Kystoskooppinen leikkaussali on suunniteltu virtsarakon leikkausta varten. Mukavuuden vuoksi potilaat tuodaan leikkaussaliin leikkauspöydälle, joka toimii kystoskopian perustana. Se on kätevä myös virtsarakon katetrointiin ja virtsan ottamiseen analyysiä varten. Sitä käytetään usein aiemman kystostoman tai kystografian seurauksena vaurioituneen virtsaputken tutkimiseen. Tällä pöydällä potilas makaa vatsallaan. Sen yläpuolelle lääkärin tulee asettaa kystoskooppi, jonka toinen pää (katodi) on kytketty tasavirtalähteeseen, jonka jännite on 60±5 V, ja toisessa (anodissa) on kumisuutin tai koukku. Kumikatetri työnnetään virtsaputkeen 5–7 cm ja poistetaan. Kystoskooppi johdetaan sen läpi sokeasti rakkoon. Kun kystoskooppi liikkuu kohti rakon seinämää, kumisuutin tai kumikoukku liikkuu kystoskoopin kädensijan päässä katodista anodille,