La porte d'infection est le trou d'entrée du macro-organisme par lequel il entre en contact avec des micro-organismes pathogènes ou des agents pathogènes migrant par les vaisseaux lymphatiques. Ce n'est qu'après avoir pénétré dans le corps par la porte d'entrée que les microbes se retrouvent sur le site de réplication possible et que leur spectre d'action ultérieur est déterminé. Sans porte d’entrée, le processus infectieux peut se produire très localement et avoir des conséquences limitées sur l’organisme. Les invertébrés aquatiques et autres animaux utilisent des relations symbiotiques avec les microbes sans en subir les effets physiologiques. Cependant, les hôtes qui bénéficient des microbes qui vivent avec eux peuvent être menacés si leurs symbiotes évoluent trop loin de leurs schémas comportementaux. Un grand nombre de micro phénotypiquement différents