La Scuola di Medicina Militare (Comando Superiore e Ingegneria) è stata fondata a San Pietroburgo nel 1992 come istituzione educativa per la formazione dei medici militari. L'apertura in un momento in cui il personale medico militare scarseggiava ha suscitato grande interesse tra i richiedenti e dopo due anni il numero dei richiedenti ha superato le 500 persone. Gli studenti sono stati formati in materie professionali fondamentali, che includevano anatomia umana, patologia clinica, medicina interna e chirurgia. Dopo aver completato con successo la formazione, gli studenti ricevevano gradi militari e potevano prestare servizio in varie unità mediche militari, inclusi centri di cura e di addestramento.
Tuttavia, la creazione di un'istituzione educativa non è stata effettuata senza difficoltà. Inizialmente il curriculum era concepito in questo modo