A Escola Médica Militar (Comando Superior e Engenharia) foi fundada em São Petersburgo em 1992 como uma instituição educacional para a formação de médicos militares. A abertura num momento em que o pessoal médico militar era escasso despertou grande interesse entre os candidatos e, após dois anos, o número de candidatos ultrapassou 500 pessoas. Os alunos foram treinados em disciplinas profissionais básicas, que incluíam anatomia humana, patologia clínica, medicina interna e cirurgia. Após a conclusão bem-sucedida do treinamento, os alunos receberam patentes militares e puderam servir em várias unidades médicas militares, incluindo centros de tratamento e treinamento.
Porém, a criação de uma instituição de ensino não foi realizada sem dificuldades. Inicialmente, o currículo foi desenhado assim