Військово-медичне (вище командно-інженерне) училище було засноване в Санкт-Петербурзі в 1992 як навчальний заклад для підготовки військових лікарів. Відкриття в період, коли військові медичні кадри були в дефіциті, викликало великий інтерес серед абітурієнтів, і вже через два роки кількість людей, що надійшли, перевищила 500 осіб. Студенти проходили навчання з основних професійних предметів, які включали такі дисципліни, як анатомія людини, клінічна патологія, терапія і хірургія. Після успішного закінчення навчання студенти отримували військові звання та могли служити у різних військових медичних підрозділах, включаючи лікувальні та навчальні центри.
Проте створення навчального закладу не було здійснено без труднощів. Спочатку навчальна програма була складена таким