Visceral cortex er et begrep fra embryologifeltet som refererer til en av fasene av embryoutvikling. Dette stadiet er interessant fordi under det oppstår dannelsen av alle organer og systemer i kroppen.
Visceral cortex er plassert inne i veggen til embryoet og er dens sentrale del. Den har form som en ring og består av tre lag: indre, midtre og ytre. Inne i cortex er nevralrøret, som senere vil utvikle seg til hjernen og ryggmargen.
Når embryoet utvikler seg, endres visceral cortex. I sine tidlige stadier består den av to lag: et ytre lag kalt ektoderm og et indre lag kalt endoderm. Det indre laget kalles endodermal villi.
Etter en viss tid begynner strukturene i cortex å skifte. Endodermal villi er skilt fra ektodermen og danner det såkalte entotelrommet. Dette utviklingsstadiet kalles dorsal rotasjon.