Em pequenos animais aquáticos, como o chinelo ou a hidra, a troca gasosa é um processo muito simples: o oxigênio dissolvido se difunde da água circundante para as células e o dióxido de carbono se difunde para fora, e não há necessidade de nenhum sistema respiratório especial. Esse tipo de respiração é chamada de respiração direta, pois as células do corpo trocam diretamente oxigênio e dióxido de carbono com o meio ambiente.
Com o advento de formas complexas e mais organizadas, a troca gasosa direta entre cada célula animal e o meio ambiente tornou-se impossível.
Era necessário algum tipo de respiração indireta, envolvendo estruturas corporais especializadas para essa função. O órgão especializado deve ter parede fina (a membrana desta parede deve ser semipermeável) para não impedir a difusão; deve ter sempre a superfície úmida para que o oxigênio e o dióxido de carbono possam ser dissolvidos na água; finalmente, deve estar bem suprido de sangue. Peixes, caranguejos, lagostins e muitos outros animais desenvolveram guelras para respiração indireta; vertebrados superiores - répteis, aves e mamíferos - desenvolveram pulmões; A minhoca usa a pele úmida para respirar; os insetos possuem traqueias – tubos que penetram em todo o corpo e se comunicam com o ambiente externo por meio de poros.
Durante a respiração indireta, as trocas gasosas entre as células do corpo e o meio ambiente incluem duas fases - externa e interna. A respiração externa consiste na troca de gases por difusão entre o meio externo e o sangue por meio de um órgão respiratório especializado, como o pulmão dos mamíferos. A respiração interna envolve a troca de gases entre o sangue e as células do corpo.
A transferência de gases entre essas duas fases da respiração é realizada pelo sistema circulatório.