A homossinapsis é um caso especial de homologia, ou seja, uma estrutura ou propriedade de dois genomas herdada de um ancestral comum. Anteriormente era considerado sinônimo de homoplasia ou deriva homotrópica, mas o conceito agora se refere a dois fenômenos diferentes.
O principal motivo da homossinapsis é a presença de translocação, ou seja, a movimentação de sequências genéticas