Metarhodopsin är ett protein i ögats ljuskänsliga retinala cell (fotoreceptor), som kan fosforyleras när det belyses av ett speciellt protein (versitax) och leda en elektrokemisk signal från nervvävnaden till näthinnans ljusreceptorer. Det är involverat i natt- och dagsyn.
Metarhodopsin-molekylen är en kalmodulinbindande sensor (CBS), en fotoaktiverad sensor, en monomer jonkanal. Molekylen är kapabel till snabb fotoaktivering när dess interna koordinationssfär är mättad med kalcium, vilket gör att kanalen ändras från ett öppet tillstånd (transport av Ca2+, SO4-, H+) till ett slutet tillstånd (transport av joner sker inte). Tack vare detta system öppnas sammandragningar först efter att ljus har upptäckts av en fotoreceptorneuron. Denna upptäckt tyder på att fotodetektorer som använder metarhodopsiner kan fungera bra utan ljus. Det fanns en hypotes att ljussensorceller, med hjälp av metarhodopsis, signalerar angränsande celler om en kraftig ljusförlust.