Giảm bạch cầu, xảy ra khi các bệnh tự miễn xảy ra, được gọi là giảm bạch cầu tự miễn. Đây là tình trạng số lượng bạch cầu trong máu giảm đáng kể. Điều này thường xảy ra do sự trục trặc của hệ thống miễn dịch. Các bệnh tự miễn dịch có thể dẫn đến giảm bạch cầu, vì các tế bào miễn dịch tấn công các cơ quan và mô của chính chúng, nhầm chúng với các tế bào lạ. Trong số các bệnh như vậy có bệnh đái tháo đường hoặc hội chứng Sjögren, trong đó mức độ bạch cầu giảm. Giảm bạch cầu cũng có thể do viêm khớp dạng thấp, viêm tuyến giáp Hashimoto, hội chứng Ghislaine Loeffler và nhiều bệnh tự miễn khác.