Otoimmün hastalıklar ortaya çıktığında ortaya çıkan lökopeniye otoimmün lökopeni denir. Bu, kandaki beyaz kan hücrelerinin sayısının önemli ölçüde azaldığı bir durumdur. Bu genellikle bağışıklık sistemindeki bir arızanın bir sonucu olarak ortaya çıkar. Otoimmün hastalıklar, bağışıklık hücrelerinin kendi organlarına ve dokularına saldırarak onları yabancı sanarak lökopeniye yol açabilir. Bu tür hastalıklar arasında beyaz kan hücrelerinin seviyesinin azaldığı diyabet veya Sjögren sendromu yer alır. Lökopeni ayrıca romatoid artrit, Hashimoto tiroiditi, Ghislaine Loeffler sendromu ve diğer birçok otoimmün hastalıktan da kaynaklanabilir.